「Pay ID あと払い」の口座振替で、ショップの口座を振込先に指定することはできますか

ショップの口座を振込先に指定することはできません。

「Pay ID あと払い」は、「Pay ID」アカウントにて1ヶ月のご利用分を、商品発送の翌月にまとめてお支払いいただける決済方法です。
注文ごとの引き落としではなくまとめての引き落としとなります。

また、BASEでは購入者がショップの口座に直接入金すること（「BASEかんたん決済」以外の決済方法）を禁止しております。

くわしくは、「BASEかんたん決済」とはなんですか をご確認ください。