「セール App」は、商品オプションにも影響しますか

影響しません。「セール App」は、商品本体の価格にのみ影響します。

商品オプションも「セール App」と同様の値引きを行いたい場合は、「セール App」と同様の割引率で値段を設定した商品オプションを作成し、セールしたい商品に設定してください。